El departamento San Martín se halla sobre el río Uruguay y tiene cuatro municipios: La Cruz, Yapeyú, Guaviraví y Colonia Carlos Pellegrini, siendo el primero su localidad cabecera.
La superficie departamental es de 6385 km², con una población de 12.236 habitantes, según el Censo Nacional de Población, Hogares y Viviendas 2001.
El departamento tiene un predominio de población urbana -73.13%- sobre la población rural -26.81%-, con una densidad de población de 1.9 habitantes/km2.
La mayor concentración de población se da al SE del departamento, donde tres factores inciden fundamentalmente en ello: la presencia del río Uruguay y la frontera con el Brasil, la altitud de esta zona sobre el resto del departamento y la cercanía a otro centro de población importante, como es Paso de los Libres.
Por ser la zona de mayor altitud del departamento, con menores problemas de anegamiento: allí se ubican tres de sus centros poblacionales más importantes: La Cruz, Yapeyú y Guaviraví, y muchos parajes, muy próximos entre sí y a dichos centros urbanos.
Sin dudas, la distribución poblacional está condicionada a su compleja topografía, llena de esteros y bañados.
El municipio de Yapeyú alcanza un porcentaje de población urbana del 13,43%.

Yapeyú fue fundada a principios del siglo XVII, el 4 de febrero de 1627, en la costa del río Uruguay y el Guaviraví, por el padre Pedro Romero de la Compañía de Jesús, con el nombre de “Nuestra Señora de los Santos Reyes Magos de Yapeyú”.
La denominación de Yapeyú proviene de haber sido el nombre del río y el paraje. Su significado, en guaraní, \\\"fruto maduro\\\" (lo que está en sazón).
La fundación fue legalmente aprobada por el entonces gobernador de la provincia Francisco de Céspedes, quien previamente había autorizado a los jesuitas a misionar en esa región.
Las fundaciones que allí se realizaron, respondieron a la planificación de una estrategia evangelizadora basada en la realidad de una región cuyas características fueron descriptas por el padre Nicolás Mastrilli Durán como que “El río Uruguay era atractivo en cuanto a que planteaba posibilidades concretas de comunicación: a pocas leguas del puerto de Buenos Aires; corre de Norte a Sur, 300 leguas entre la costa del Brasil y el río Paraná.
El puerto de mayor importancia para la conversión de toda la provincia y por la comodidad de subir y bajar a Buenos Aires, fue el logrado con la fundación de la Reducción de Nuestra Señora de los Reyes Magos de Yapeyú, que está a orillas del río Uruguay sobre otro que entra en él, llamado Yapeyú”.
Este sitio fue de vital importancia en la historia de las Misiones, no sólo por ubicarse en el extremo meridional respecto de las otras misiones, sino que también poseía una gran riqueza económica por la producción de ganado en sus tierras.
En 1754 llegó a tener 7.000 habitantes, todos de origen guaraní, a los que se les sumaban los padres jesuitas que se encargaban de la organización y la evangelización.
La mayoría de la población aborigen era de orígenes bohanes, yaros y chandules (guaraníes de las islas).
La localidad se encontraba alejada de las otras ciudades españolas, por lo que no sufrió las pestes de viruela que diezmaron a otros pueblos.
Gracias a la fundación de numerosas estancias, capillas y puertos se intensificó el intercambio comercial de los excedentes de los productos misioneros con Buenos Aires. Ganó fama por sus talleres de instrumentos musicales, en los que se fabricaban órganos, clavicordios, guitarras y violines.
A partir de la expulsión de los jesuitas, es nombrado administrador del pueblo Juan de San Martín, padre del Libertador San Martín. El 25 de febrero de 1778, nace José Francisco de San Martín, y en ese entonces, el departamento de Yapeyú comprendía cinco pueblos: su capital, La Cruz, Santo Tomé, San Francisco de Borja y San Carlos.
Por Real Cédula del 27 de febrero de 1767, el rey español Carlos III ordenó la expulsión de la orden jesuítica de todas las posesiones españolas la cual se llevó a cabo en 1768.
Casi inmediatamente, la zona entró en decadencia económica, parcialmente revertida al llegar en 1774 el teniente gobernador español de la provincia subordinada (o militarizada) de las Misiones, Juan de San Martín (padre del Libertador San Martín), quien es nombrado administrador del pueblo.
Durante su gestión se ratificó la capitalidad provincial en Yapeyú y extendió el gobierno de la misma hasta el arroyo Yeruá (en Entre Ríos) y por el Este hasta los ríos Yacuy y Negro. Fundó las estancias de La Merced (hoy Monte Caseros), San Gregorio (cerca de Mocoretá), Concepción de Mandisoví (cerca de Federación) y Jesús del Yeruá (un poco al Sur de Concordia). También logra el afianzamiento de la ruta comercial del río Uruguay, que debía saltar los escollos del los saltos Chico y Grande, para lo cual reactivó el puerto de San Antonio del Salto Chico.
Después de cinco años, Don Juan de San Martín entregó el mando de la ciudad al teniente Don Francisco de Ulibarri.
A partir de 1801, y tras la invasión de las Misiones Orientales por parte de los bandeirantes, el poblado no sólo perdió sus distritos al Este del río Uruguay sino que padeció los continuos ataques portugueses y luego brasileños.
De este modo, luego de las derrotas sufridas por Andrés Guaçurarí y José Gervasio Artigas, la localidad quedó reducida a ruinas después de ser saqueada y arrasada por los brasileños al mando del coronel Chagas, en 1817.
Después de la segunda mitad del Siglo XIX, al estabilizarse las fronteras internacionales la población resurgió lentamente. En 1889 surge una iniciativa que tiende a reivindicar toda la gloria del lugar y el 31 de julio de 1889 se le restituye el antiguo nombre de Yapeyú, merced a un petitorio formulado al gobernador Juan Esteban Martínez.
La adhesión de Yapeyú a la Provincia de Corrientes se oficializó por:
- Ley Nº 315, promulgada el 29/09/1920: Reconoce como Comisiones Municipales a los Pueblos de Bella Vista, Berón de Astrada, Concepción, Itatí, Ituzaingó, La Cruz, Mburucuyá, Monte Caseros, Paso de los Libres, Saladas, San Cosme, San Luis del Palmar, San Miguel, San Roque, Santa Lucía, Santo Tomé y Sauce; reconoce como Comisiones de Fomento a los Pueblos de Chavarría, Empedrado, Esquina, Felipe Yofre, Garruchos, General Paz, Itá Ibaté, Loreto, Mariano I. Loza, Nueve de Julio, Paso de la Patria, Perugorría, San Carlos, San Lorenzo, Santa Ana y Yapeyú; declara municipalidades autónomas a las de la Capital, Curuzú Cuatiá, Goya y Mercedes
En 1924 se sanciona la ley emanada de un proyecto del Dr. Beltrán, que protege las ruinas de la casa del prócer. El 17 de agosto de 1938 se inaugura el templete que recubre actualmente las ruinas.
En 1978 y por Decreto Provincial Nº 3995/77 se resuelve recuperar el patrimonio histórico y dotarla de infraestructura para brindar servicios turísticos.
-Ley Nº 2.878, promulgada el 02/10/1969, establece los límites de la
Municipalidad de Yapeyú.
-Ley Nº 3.828, promulgada el 28/09/1983, fija los límites del municipio.

La localidad de Yapeyú integra unos de los puntos que dan lugar a 132 km. de recorrido, denominado “Corredor Jesuítico Guaraní Correntino”, en donde se recorren algunas posesiones que fueran construidas por esa orden religiosa, como iglesias y misiones.
Este circuito lo integran, junto a Yapeyú y La Cruz -ambas pertenecientes al departamento San Martín, las localidades de San Carlos, Santo Tomé, Gobernador Virasoro y Alvear -dentro del marco provincial-; los que también forman parte del Corredor Jesuítico Internacional, integrado además por localidades de la provincia de Misiones y jurisdicciones brasileñas, principalmente del estado de Río Grande do Sul. Recreando un pasado que enseña la creación y desarrollo de 30 pueblos organizados por los jesuitas, los que fueron puestos en valor recientemente (en 1978).
Desde su fundación y por tradición Yapeyú tuvo una economía basada en la ganadería vacuna. Desde el siglo XX, debido a su valor histórico, devino en un centro con atractivos turísticos; presentándose como una localidad en la cual aún predominan casas del siglo XIX e inicios del siglo XX de una sola planta, situación que se ve más favorecida por su inmediato entorno rural, en el cual se mantienen preservadas vastas zonas naturales.
Visitar la localidad significa desembarcar en un lugar donde las fachadas antiguas, los faroles, las calles y los museos rescatan el patrimonio jesuítico, y se constituyen como reliquias invaluables en la memoria colectiva de la ciudad.
Yapeyú es reconocida a nivel nacional e internacional por haber sido la cuna del Libertador Don José Francisco de San Martín.
Esta tierra guarda los primeros pasos del gran prócer argentino y los recuerdos de una familia respetada en cada rincón de la Argentina.

Los jesuitas organizaron en el Siglo XVI la Provincia Espiritual Jesuítica del Paraguay (que abarcaba parte de los actuales territorios de Paraguay, Sur de Brasil y Nordeste de Argentina).
En la provincia de Corrientes, su misión evangelizadora ocupó principalmente la región sobre la Costa del Río Uruguay con la fundación de cuatro poblados: San Carlos, Santo Tomé, La Cruz y Yapeyú, que poseían todo un sistema de puestos y capillas a lo largo de los territorios que correspondían a sus estancias.
Estos pueblos siguieron habitados luego de la expulsión de la Compañía de Jesús, en 1767, y quedaron abandonados luego de la destrucción y el saqueo sufridos, a principios del siglo XIX, como consecuencia de la invasión ocasionada por las tropas al mando del brigadier Chagas.

La reducción de “Nuestra Señora de los Santos Reyes del Yapeyú” fue fundada el 4 de febrero de 1626. La idea de su fundación surgió de la provincia del Paraguay de la Compañía de Jesús, representada en el padre Mastrilli Durán.
La misión llegó a alcanzar una población de más de 7.000 personas y a constituir el más importante centro agrícola- ganadero de la Provincia Jesuítica del Paraguay.
En 1864, el gobernador Pujol dispuso el replanteo del pueblo actual como un homenaje al General José de San Martín, nacido en Yapeyú. Y a ese efecto se trasladaron al lugar los colonos franceses.
Recibió en ese momento el nombre de “Pueblo de San Martín”. Y en julio de 1899 fue restituido el nombre original al pueblo.